Создаём скрипт ввода пароля:
vi /var/www/site1/startssl.sh
#!/bin/bash
echo "Пароль";
Даём ему права на выполнение:
chmod +x /var/www/site1/startssl.sh
Делаем Apache владельцем:
chown -R apache.apache /var/www/site1
Прописываем где брать скрипт:
vi /etc/httpd/conf.d/ssl.conf
SSLPassPhraseDialog exec:/var/www/disk/startssl.sh